Грамматическая основа в данном предложении - "Черная туча закрыла небо проливной дождь застучал в окно". Запятые ставятся следующим образом: Черная туча закрыла небо, проливной дождь застучал в окно.
Во втором предложении грамматическая основа - "Перелетные птицы стали собираться в стаи и полетели на юг". Запятые ставятся так: Перелетные птицы стали собираться в стаи, и полетели на юг.
В третьем предложении грамматическая основа - "Холодное небо часто хмурится идет дождь". Запятые ставятся следующим образом: Холодное небо часто хмурится, идет дождь.