Для объяснения постановки знаков препинания в данных предложениях можно использовать графическую схему, которая покажет структуру каждого предложения и основание для использования знаков препинания.
1) Болело горло, лицо изуродовал флюс.
Это сложносочиненное предложение, состоящее из двух простых предложений, соединенных запятой без союза. Это возможно, потому что оба предложения короткие и тесно связаны по смыслу, описывая состояние одного субъекта (больного).
Схема:
[Болело горло] , [лицо изуродовал флюс]
| |
Простое Простое
предложение предложение
2) Вернулись мы домой, и я как-то пришел к Маркову в гости.
Здесь у нас также сложносочиненное предложение, но соединение между частями происходит с помощью союза "и". Союз "и" здесь выступает как средство связи двух самостоятельных событий, каждое из которых является полноценным предложением.
Схема:
[Вернулись мы домой] , [и я как-то пришел к Маркову в гости]
| |
Простое предложение Простое предложение
Таким образом, запятые в обоих предложениях служат для разделения частей сложносочиненного предложения. В первом случае запятая используется без союза, что допустимо для кратких и тесно связанных по смыслу предложений. Во втором случае запятая ставится перед союзом "и", который соединяет два предложения, каждое из которых могло бы стоять самостоятельно.